高新產投現有內設機構10個：黨委辦公室、紀檢監察室、董事會辦公室、風控辦公室、戰略事業部、產業金融部、財務部、法務部、人力資源部、綜合部。其中，產業金融部承擔集團融資工作，確保公司日常經營資金需求；戰略事業部負責集團戰略發展規劃，收集國家政策并進行政策分析，指導子公司編制發展規劃，項目謀劃。

高新產投現有全資子公司12家、控股子公司4家、參股公司11家。